Um 1596 begann Christoph Puechner, ein Politiker, mit dem Schlossbau. 1618 wurde das Schloss von Kaiser Matthias zum Adelssitz erhoben. Ab 1641 bauten Egidius von Seeau und seine Nachfolger Puchberg zu einem beachtlichen Herrschaftssitz aus. 1767 wurde es an den Leibarzt Maria Theresias, Elias Freiherr Engl von Wagrain, verkauft, anschließend kam es zu wiederholtem Besitzerwechsel. Durch Dr. Alfred Jurnitschek von Wehrstedt, der Puchberg 1877 erwarb, fand das Anwesen zu neuem Glanz. Die Gestaltung des Spiegelsaals, die Mosaikböden und die Sgraffiti im Innenhof wurden in dieser Zeit ausgeführt. Nachdem Jurnitschek einen Großteil seines Vermögens in Prozessen um Patentrechte mit dem Waffenproduzenten Josef Werndl aus Steyr verlor, musste er 1912 das Schloss verkaufen.

Nach erneutem Wechsel der Besitzer erwarb der Bund 1950 das Schloss. Das Land- und Forstwirtschaftsministerium hatte die Absicht, im Schloss Puchberg eine Landwirtschaftsschule zu errichten. In Wien wurde jedoch ein günstigeres Objekt gefunden, sodass Puchberg 1953 von der Diözese Linz gekauft und als „Volksbildungsheim“ eingerichtet werden konnte.

Neben allen Erweiterungen durch die Architekten Karl Odorizzi, Gottfried Nobl sen. und jun., Hans Roth und Luger&Maul sind der historische Kern und die Atmosphäre, die das Haus von Anfang an unverwechselbar machten, geblieben.